Unityのアプリ内でキャラクターなどが動いているように見せるには「アニメーションクリップを使う方法」と「物理演算を使う方法」の2つがある。
などがUnity上でも使えます。 MMDのモーションフォーマットであるvmdファイルをUnityで使うには、下記参照。
Skele: Character Animation Toolsを使うことで、Unity上からでもモーションの作成ができるようになります。